全世界突然爆發瞭男性強暴魔化，巫女原因依舊不明，大對世界人口急速銳減，巫女人類存續開始迎向絕望……5年前，大對在東京秋葉原帝國大戰中，巫女希美沒能守護桃子。大對此後，巫女希美搭乘科學傢琉璃子所開發的大對時光機回到過去，與改造人安妮進行多次激戰，巫女但即使不停回到過去，大對仍無法拯救桃子。巫女如果能改變過去發生的大對事，或許就能讓這個世界恢復原樣。巫女拯救桃子與這個世界或許還有點希望，大對於是巫女，希美決定再度回到過去……