進入瞭明治時代，浪客曾經的劍心京都“劊子手拔刀齋”緋村劍心（佐藤健 飾）已經習慣瞭神谷道場的安寧生活。誰知就在這一天，大火倒幕戰爭時的浪客舊友——號稱維新三傑之一的大久保利通（宮澤和史 飾）將其請去。原來繼承瞭劍心劊子手身份的劍心京都志志雄真實（藤原龍也 飾）當年被新政府背叛，僥幸活下來的大火志志雄正秘密籌措稱霸日本的可怕計劃。大久保死後，浪客深感背負不可推卸責任的劍心京都劍心隻身上路，在途中不僅偶遇京都女忍卷町操（土屋太鳳 飾），大火還在新月村和志志雄有瞭第一次的浪客遭遇。與此同時，劍心京都相樂左之助（青木崇高 飾）、大火神谷薫（武井咲 飾）、浪客明神彌彥（大八木凱鬥 飾）、劍心京都齋藤一（江口洋介 飾）也相繼趕往京都。大火陰雲密佈的時代，醞釀著一場席卷全國的風暴……