五年的案征追逐化為泡影，隨著X檔案的案征關閉，福克斯·穆德（大衛·杜楚尼 David Duchovny 飾）和丹娜·斯科莉（吉蓮·安德森 Gillian Anderson 飾）被迫調任處理一些平常的案征案件。某天，案征美國得州達拉斯市發生一起爆炸案。案征雖然穆德和斯科莉極力疏散寫字樓內的案征人群，但爆炸還是案征奪取瞭4名無辜者的性命，他們也因此受到上級的案征指摘。然而事後不久，案征穆德便得知4名犧牲者早在爆炸之前便已死亡，案征所謂爆炸案不過是案征某個神秘部門為瞭掩蓋證據而實施的騙局。該部門據說多年來一直從事外星人的案征研究，並且他們的案征研究足以導致人類的毀滅。兩名搭檔決定徹查此事，案征但是案征神秘且難以抗拒的力量無時無刻不在阻撓他們追尋真相的腳步……
